南美雨林圣殿的卡洛斯带领阿兹特克战鹰机甲群发动突袭，机翼召唤的风暴卷走部分孢子。然而，基因收割者操控空间站启动「机械同化」程序，地面的金属管道突然活过来，缠绕住联军的机甲。千夏驾驶苍蓝武士机甲试图斩断管道，却发现刀刃接触的瞬间，机甲的金属外壳开始出现血肉化变异。

“用冥土法典逆转能量！”越飞急中生智，取出第三件多元圣物。冥土法典自动翻开，释放出黑白交织的魔法洪流，将机械同化的力量强行扭转。与此同时，他调动熵寂齿轮与幻梦棱镜，施展出「时空基因锁」。圣尊裁决戟划出的光痕中，生化兽的进化过程被冻结，机械同化的管道也停止了生长。

基因收割者见状，彻底陷入疯狂。它将自己的身体投入基因熔炉，启动终极武器「熵化病毒母巢」。整个空间站开始膨胀，化作一颗巨大的病毒囊体，囊体表面的孔洞中，数以亿计的熵化病毒如潮水般涌来。这些病毒不仅能腐蚀机甲，更能直接入侵驾驶员的意识，将其转化为生化傀儡。

千钧一发之际，越飞联合十大军神、圣魔导师团以及地球八大基地的力量，发动「圣界基因净化」。十五种文明的力量与三件多元圣物的威能融合，形成一道贯穿宇宙的彩虹光柱。光柱所到之处，熵化病毒被分解成纯粹的能量，生化星域的扭曲生态开始恢复正常。

在剧烈的能量冲击下，基因熔炉轰然炸裂。越飞在废墟中找到了第四件多元圣物——「基因圣典」。圣典的书页由发光的dNA链构成，轻轻翻动，便能操控生命的进化与退化。但远处的混沌海再次传来异动，时墟守护者的虚影面色凝重：“混沌海的封印出现更大裂痕，下一个目标……是被时间循环困住的「轮回沙海」宇宙，那里的主宰「时之吞噬者」，正在吞噬所有文明的历史。”

越飞握紧四件多元圣物，望着逐渐平息却满目疮痍的生化星域，语气坚定：“八大基地，重整旗鼓！无论敌人如何扭曲规则，我们都将守护文明的火种。轮回沙海，我们来了！”而在轮回沙海宇宙的中心，时之吞噬者正坐在巨大的沙漏王座上，狞笑着注视着时空的涟漪，等待着圣尊踏入它编织的时间陷阱……